分析目的
基因家族分析是生物信息学和遗传学中的一个重要研究方法,它涉及到基因功能,基因表达调控机制,进化研究,疾病关联研究,药物开发等重要领域,目前进行基因家族分析,然后做qPCR、亚细胞定位实验基本就可以发个不错的文章,是性价比非常高的研究方法。
数据来源
自测数据或公共数据库里的基因组、转录组数据。
分析方法
基于序列相似性或结构域,进行基因家族的鉴定;使用MEME等工具对基因家族成员进行motif分析,以识别序列中的保守区域,此外,进行基因结构分析,包括内含子、外显子和CDS的位置,构建并分析基因家族成员的进化树。
分析内容
(1)基因结构分析(外显子内含子,motif分析)
(2)家族基因重复事件分析
(3)家族基因进化分析
(4)家族成员在不同组织中特异性表达分析
(5)基因亚细胞定位,蛋白互作网络分析
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