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孟德尔随机化分析

组学测序

孟德尔随机化分析

分析目的

孟德尔随机化(Mendelian randomization,简称MR)是一种基于遗传变异的因果推断方法。近年来,随着生物学界发现了大量与特定性状紧密相关的遗传变异,加上许多大样本全基因组关联研究(GWAS)公开发布了数十万个暴露和疾病与遗传变异关系的汇总数据,这些汇总数据使得研究者能估计大样本数据中的遗传关联,从而促进了MR研究发展。    

                                                                                               
数据来源

从GWAS中获取、从已经发表的MR文章中获取、R program提取等方法;挑出来研究和暴露相关的基因SNPs。


分析方法

利用SNPs、beta值、se值、pval,eaf、效应等位基因(effect allele)和对照基因(other allele)。确定工具SNPs从相关SNPs再中筛选出符合MR假设的工具SNPs。进行MR分析,用反向方差加权(IVW)方法进行分析,敏感性分析。
分析内容
(1)MR分析的结果
(2)行敏感性分析结果


分析结果示例图